НИЯУ МИФИ входит в число лучших университетов страны по объему и качеству научных исследований. В нем проводятся как фундаментальные, так и прикладные исследования более чем по 20 направлениям, соответствующим приоритетным направлениям развития науки и техники России. Университет сотрудничает с ведущими отечественными высокотехнологичными предприятиями и осуществляет эффективный трансфер знаний и технологий в реальный сектор экономики.
НИЯУ МИФИ участвует в Программе стратегического академического лидерства «Приоритет-2030». Ежегодно в вузе проходят крупные международные научные конференции.